Windows ME è un aggiornamento a Windows 9x e la maggior parte dei software per Windows 95 e Windows 98 funzionerà con Windows ME. Diciamo 'maggioranza' perché software come un programma antivirus o qualsiasi altra utility progettata per Windows 9x non funzioneranno (o funzioneranno bene) in Windows ME. La struttura del file e i file di configurazione sono leggermente cambiati in Windows ME. Tuttavia, giochi, programmi e altri software funzioneranno in Windows ME. Se il software non funziona, dovrebbe avere un aggiornamento che gli consenta di funzionare.