In alternativa indicato come gestione dei file e talvolta abbreviato come FS, un file system è un metodo di organizzazione e recupero dei file da un supporto di memorizzazione, ad esempio un disco rigido. I file system di solito consistono in file separati in gruppi chiamati directory. Le directory possono contenere file o directory aggiuntive. Oggi, il file system più utilizzato con Windows è NTFS.

Senza una gestione file, tutti i file non avrebbero alcuna organizzazione e sarebbe impossibile per un file con lo stesso nome esistere. In genere, i file vengono gestiti in una gerarchia, che consente di visualizzare i file nella directory corrente e quindi di spostarsi in qualsiasi sottodirectory.
Esempi di file system
- FAT (es. FAT16 e FAT32)
- GFS
- HFS
- NTFS
- UDF
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